1977年12月30日，经辽宁省编制委员会批准，正式成立辽宁省中医研究所，人员编制100名。1982年6月，辽宁省计划委员会批准建设一万平方米的医院，于1984年6月竣工。

     1984年3月，病房楼开始施工，于1986年9月竣工。在1987年6月，制剂室和职工食堂竣工投入使用后，基本建设完成，研究院的科研和医疗工作全面展开，步入新的发展阶段。

    1985年11月，辽宁省中医研究院临床部改称辽宁省中医研究院附属医院，1986年9月2日正式挂牌开诊。

    1990年成立了辽宁省中医研究院铁西门诊。1993年成立了北市门诊。1994年成立了太平门诊。医院的服务能力逐渐提升，影响力进一步扩大。

    1996年9月，医院更名为辽宁省中西医结合医院，积极探索新的发展途径。1997年3月，更名为辽宁中医学院第二附属医院，隶属关系由省卫生厅划归辽宁中医学院。1998年2月，废止了辽宁省中西医结合医院的名称。

    1999年率先在医院建立名医堂、养生康复中心，提升医院急诊抢救和综合服务能力。2003年辽宁省中医研究院更名为辽宁省中医药研究院，进一步坚持中医中药并重，彰显科研实力。

2006年，因大学更名，医院更名为辽宁中医药大学附属第二医院。2008年11月，新病房大楼正式开工建设，标志着医院发展进入了一个新的历史时期。

“扩建门诊病房科研教学综合楼”项目入选国家发改委和国家中医药管理局“十三五”中医药传承创新工程的2018年度卫生领域中央投资计划建设项目。2018年8月，项目正式开工。2020年新综合楼正式竣工并投入使用，为医院发展奠定了坚实的基础。